Gilinimo gali sutrikdyti upės ekosistemą keliais būdais. Ši procedūra pašalina upės gamtos baseinai ir šautuvų, panaikinant buveinių įvairovė, kuri padeda palaikyti keletą būtybių spektrą. Gilinimo taip pat gali pašalinti vandens augalai, šaknys ir visiems, kurie palaiko žuvis. Galiausiai, jei gilinimo pašalina dumblo (Fine dirvožemio daleles vežami vandeniu) iš upės vagos, už augalų gyvybės pokyčių aplinką. Kaip kai kurie augalai žūsta, todėl daryti vandens gyvūnams, kurie minta nuo jų.
Turbūt ryškiausias kaip žmonės keičia upių sistemų yra statant užtvankas. Yra keletas tipų užtvankų, kurie visi lėtai arba sustabdyti srautą ar upės tėkmę. Vanduo palaiko iki už užtvankos, sudarančios rezervuarą, kuris suteikia patikimą šaltinį vandens drėkinimo laukus ir tiekti miestų ir bendruomenių netoliese.
Tvenkiant upės hidroelektrinių kartos
Kai užtvankos naudojami generuoti elektros. Vandens iškritus pro užtvankos sukasi turbina, kuri paverčia generatorių, įtaisas, kuris konvertuoja mechaninę energiją į elektrą. Daug užtvankų naudojamos kaip papildoma Bendrijos maitinimo šaltinį, o ne kaip pagrindinis elektros energijos šaltinis. Šiuo atveju, inžinieriai turėti vandens atgal dienos metu, o tada išleisti jį naktį, kai elektros energijos poreikiui linkęs būti didesnis. Kadangi šie svyravimai nuo mažo iki didelio srauto yra spartesnis negu gamtos ciklų, jie gali būti labai kenksmingas vandens organizmams pasroviui. Rūšis mažos žuvys, labai jaunas žuvis ir žuvų rūšių vabzdžių paprastai rasti vandenyse palei bankai dažnai visai nepasireikšti.
Srauto valdymo užtvankos yra skirtos išlyginti svyravimus vandens kiekio, kertančios upės sezono metu. Išlaikyti pastovų srautą pasroviui užtikrina pakankamą išlaikyti vandens gyvenimą ir leidžia ištisus metus laivybą upėje. Užtvankos parduotuvės vanduo laikotarpiais didelio srauto potvynių išvengti pasroviui, ir užtvanka valdžia nepaleis vandens laikotarpiais apatinio srauto.
Srauto valdymo užtvankų, pylimų ir kitų upių projektai gali sumažinti mažų floods- poveikį paprastai tie, kurie pasikartoja kas kelis dešimtmečius. Bet ne esamą upės valdymo projektas skirtas pašalinti potvynių, kurie yra toks didelis, kad jie pas
