Kaip ir giliavandenės kasybos, giliavandenių gręžimo taip pat gali sukurti ekologines problemas. Kai kurie ekspertai įspėja, kad, kaip ir bet koks skystuoju atstatomosios operacijos, ten būtų pertraukų, sandarumą ir naftos išsiliejimo pavojus. Remontas tokią žalą greitai tokiais gelmes būtų labai sunku.
Metanas po jūra
Mokslininkai taip pat studijuoja išgauti didžiulius indėlius metano iš vandenyno dugno galimybę. Metanas, kuris paprastai egzistuoja Žemėje kaip dujos, dega daugiau nei švariai anglių arba naftos, ir tai gali būti svarbus kuras ateityje. Metanas yra suteikta išjungti virškinimo procesą, gyvenančių vandenyno nuosėdose bakterijų. Mokslininkai nustatė, kad žemos temperatūros ir labai didelis vandens slėgis jūros dugno sulaiko metano metano hidratų formos (metano tik per ledo kristalai) nuosėdose. Mokslininkai gręžiniai nuosėdų šerdys dažnai nukentėjo kišenių metano hidratų. Tautos kaip Japonija, kuri neturi savo naftos, domisi skverbiasi į indėlius, kai kurie iš jų rasti ne japonų pakrantės.
Bet vėl, ekspertai įspėja, galimas kenksmingas poveikis aplinka, būtų reikia išnagrinėti. Metanas yra galinga šiltnamio efektą sukeliančių dujų (dujų, kuri prisideda prie atmosferos atšilimo). Jei dideli kiekiai metano buvo išlaisvintas po regeneravimo proceso metu ir leido pabėgti į atmosferą, ten gali būti neprognozuojamas poveikis pasaulio klimato. Kai kurie mokslininkai taip pat įtaria, kad kartais lydymas metano hidratų kišenės sukelia milžiniškas povandenines nuošliaužos, kurie savo ruožtu gali sukelti destruktyvų cunamius (milžiniškas bangas, kurias sukelia audros arba povandeninių sutrikimų). Todėl Gavyba metano nuo jūros, gali prisidėti prie dar daugiau nuošliaužų ir cunamių. Kiti mokslininkai, tačiau, sako, kad buvo perdėti galimas neigiamas pasekmes kasybos metano hidratų.
Naudojant jūros dugno kaip Toksiška atliekų sąvartynas
Dar vienas galimas naudojimas vykdant giliavandenės aukšte yra šalinimo tokios pavojingos medžiagos, kaip branduolinių atliekų ir toksiškų cheminių medžia
