10 metų, nuo 1857 Pasteur dirbo direktoriumi mokslinius tyrimus École Normale. Jis paliko šį postą 1867 m sutelkti dėmesį į savo tyrimus. Ankstyvaisiais 1860-aisiais, jis suprato, kad vynas virsta karti, nes mikrobų (mikrobai), kurie patenka į vyną, o tai yra daroma. Jis parodė, kad taikant kontroliuojamą šilumos kiekis gali nužudyti mikrobai nekeičiant vyno skonį. Ši šiluma kaip priemonę žudyti mikrobus tapo žinomas kaip pasterizavimo po Pasteur. Pastero pat naudojamas šis metodas išsaugoti pieno, alaus ir maisto.
1865, Pasteras, nustatytus siekiant padėti šilko pramonė. Liga, vadinama pebrine buvo nužudyti puikius numerius šilkaverpių. Jis dirbo keletą metų įrodyti, kad mikrobas, kad atakos šilkverpių kiaušinių sukelia ligą. Jis parodė, kad pašalinti šį gemalų į šilkaverpių medelynuose būtų sunaikinti ligą. Jo tyrimai šilkaverpių ligos išgelbėjo šilko pramonė pietų Prancūzijoje.
Pasteras įrodė, kad daugelis ligų sukelia bakterijos, kurios dauginasi organizme. Jis taip pat įrodė, kad jei mikrobai yra susilpnėjusi laboratorijoje ir tada dedamas gyvūno kūno, gyvūnas vystosi imunitetas (atsparumas) į mikrobas. Jis paragino šią kovoja ne mikrobų skiepijimo būdą. Pasteras įrodė vakcinacijos vertę skiepyti avis su sunkia infekcine liga, vadinama juodligės. Pastero skolintos idėjos iš Edward Jenner, britų gydytojas, kuris per 1790 s atrado saugų būdą padaryti žmones imuninės raupų sėkmės. Jenner užsėti jauną berniuką su klausimu iš Karvė OSB gerklės. Berniukas sukūrė Karvė OSB, santykinai nekenksmingas liga, susijusi su raupų. Bet kai Jenner vėliau švirkščiama berniuką su klausimu iš raupų gerklės, berniukas neturėjo nusileisti su šia liga. Jo bijau su Karvė OSB padėjo jo kūnas sukurti AN į raupų imunitetą. Jenner klasikinis eksperimentas buvo pirmasis oficialiai užfiksuotas vakcinacijos.
Pasteras pradėjo 1881 metais studijuoti pasiutligės, infekcinės ligos plitimo nuo pasiutligės užsikrėtę gyvūnai įkandimo. Pasiutligės sunaikina nervų ląstelių iš dalies smegenų ir beveik visada sukelia mirtį. Žmones ir dauguma kitų žinduolių
