Naršykite straipsnio Istorija Panama Įvadas į istorijos Panamos
Karibų jūros pakrantė Panama buvo tyrinėję ispanų ekspedicijos pagal Rodrigo de Bastidas apie 1500. Šis regionas buvo gyvenamas kelių genčių Indai, The Cuna yra didžiausia. 1502 Kristupas Kolumbas išplaukė palei pakrantę į centrinę dalį sąsmauka ir teigė, kad Ispanijos teritoriją. Šiaurinėje pakrantėje Panamos buvo pirmosios Ispanijos atsiskaitymo žemyne vietą.
1509 Ispanijos vyriausybė išleido licencijas Alonso de Ojeda ir Diego de Nicuesa atsiskaityti už regionai tyrinėję Bastidas ir Columbus. Pirmieji kolonijos buvo įkurta 1510 San Sebastiane (kas yra dabar šiaurinė pakrantė Kolumbija) ir Nombre de Dios. Jie neturėjo, klestėti, tačiau dėl ligos, badas, ir konfliktų su indėnų. Pirmasis sėkmingas gyvenvietė, Santa Maria, įkurta 1510 m, kai Vasco Núñez de Balboa įtikino San Sebastiane gyventojai perkelti į naują vietą vakarinėje pakrantėje Darien įlankos. Indai naujoje svetainėje buvo greitai nedidelė ir Balboa tapo gubernatoriumi naują koloniją. 1513 Balboa padarė savo kelią per sąsmauką ir atrado Ramiojo vandenyno.
Balboa Naujas Pasaulio keliones. Kuo mažesnė žemėlapis rodo Vasco Núñez de Balboa maršrutas iš Ispanijos į Karibų 1501 Didesnės žemėlapis rodo savo maršrutus per Karibų jūrą. Per 1501 ir 1502, Balboa plaukė palei šiaurinėje pakrantėje Pietų Amerikoje ir iki Ispanioloje. Jis padėjo nustatyti Darien koloniją 1510. 1513, Balboa kirto Panamos sąsmauka ir silpnaregiams Ramiojo vandenyno.
Balboa buvo pakeistas į komandą, o vėliau mirtimi, kurią Pedrarias de Avila, kuris 1519 grindžiama Miestas Panamos pietinėje pakrantėje sąsmauka tarnauti kaip Vyriausybės būstinę. Francisco Pizarro 1531 pradėjo savo užkariavimą Peru iš naujojo miesto. Akmuo kelias buvo pastatytas iš Panama į Portobelo, ir visi auksas, sidabras, brangakmeniai ir paimti iš Peru kasyklų praėjo per jį turi būti įdėtas į Ispanijos galleons ant Karibų jūros pakrantėje.
privateers kitų Europos šalių, ypač Anglijos, persekiojami Ispanijos Main (žemyninė dalis). 1572 Francis Drake konfiskuoto mulo traukinį lobis kirtimo sąsmauka. Pasibaigus jo mirties metu 1596 jis ruošėsi pulti Portobelo. Uosto buvo perimta 1601 William Parker ir buvo atleistas 1668 Henry Morgan, kuris grįžo į 1671 plėšti ir deginti Panama City. 1698 Škotijos kompanija bandė pasodinti kolonija ne Kaledonija Bay, bet Ispanijos vairavo juos. Britų admirolas Edvardas Vernonas perimta Portobelo į 1739. 17