Be to, AN fMRI skenavimą rezultatai gali būti sunku interpretuoti. Pavyzdžiui, vienoje UCLA atliktą tyrimą tyrėjas Marco Iacoboni, kai atveriami rinkėjai buvo parodyta žodžius " demokratas " " respublikonų " ir " nepriklausoma, " į jų smegenis plotas vadinamas Migdolinis kūnas buvo aktyvuota, nurodant nerimą ir pasibjaurėjimą. Tačiau trys terminai taip pat sukėlė veiklą smegenų sričių, susijusių su atlygio, noro ir rišlumas. Taigi, kaip tie politiniai terminai padaryti dalykai jaustis - šlykštėtis arba prijungtas? Tai buvo sunku mokslininkai pasakyti su bet tikrumo. [Šaltinis: Scientific American]
Dėl šių trūkumų, kai kurie kritikai teigia, kad fMRI yra nieko daugiau, nei aukštųjų technologijų versijos Frenoloģija, The 19-ojo amžiaus pseudo -science, kad teigė, atskleisti žmogaus charakterį remiantis vien tik dėl jo ar jos kaukolės formos. Ateityje mokslininkai tikisi, kad fMRI daugiau " mokslinis " ir pagerinti jos tikslumą, sutelkiant dėmesį į atskirų neuronų. Jie mano, kad įrašant elektrinį aktyvumą neuronuose, jie bus gauti išsamesnių ir tikslesnių vaizdą smegenų veikla.
