1928 m Condon prisijungė Kolumbijos universiteto kaip fizikos dėstytojas. Vėliau tais pačiais metais, jis tapo asistentas fizikos profesorius Prinstono universitete. Kitais metais jis dėstė fiziką Minesotos universitete. Jis grįžo į Kolumbijos 1930, kur jis išliko iki 1937
Condon sukūrė didžiąją dalį savo originalios įmokų į teorinės fizikos pažangos, o Prinstono. Jo aiškinimas, didelės energijos protonų protonų sklaidą išaiškino branduolinę stiprią jėgą, kuri suteikė pagrindą šiuolaikinės branduolinės teorijos ir žymiai įtakojo mokslinių tyrimų plėtrą atominės energijos. Jis taip pat įmokas į masinio spektroskopijos molekulių ir iš kvantinės mechanikos pagrindu molekulinės vibracijos išmatuotas infraraudonosios spektroskopijos ir šviesos molekulių sukimosi supratimą.
1937 m Condon persikėlė į Pitsburgas prisijungti prie Westinghouse Electric Corporation ir gamyba, kaip asocijuota tyrimų direktorius. Jis padėjo vesti įmonę į branduolinės amžiaus gerinant ir sutelkiant pagrindinius branduolinių mokslinių tyrimų programas. Iš pradžių 1940-aisiais, jis buvo Nacionalinio gynybos mokslinių tyrimų komiteto konsultantas ir padėjo sukurti ore radarų sistemų naudojimo Antrojo pasaulinio karo (1939-1945). Jis taip pat padėjo rasti Radiacinės laboratorijos Masačiusetso technologijos instituto (MIT). Taip pat pradžioje 1940-aisiais, Robert Oppenheimer paskirtas Condon asocijuotoji direktorė tada slaptas Los Alamos laboratorijoje, kur jis kreipėsi savo darbą masinio spektroskopijos į urano izotopų atskyrimo atominių ginklų. Nuo 1943-1945 jis dirbo Radiacinės laboratorija Berklis nuo masių spektroskopijos urano izotopų atskyrimui už atominę bombą. Po karo, Condon pradėjo rašyti ir kalbėti, stengiantis ugdyti visuomenę apie politinių sprendimų apie karinės branduolinės energijos naudojimo. Jis tikėjo, kad civilinių kontroliuoti branduolinių ginklų kūrimo ir gamybos buvo vienas išvengti branduolinio karo raktus.
1945 m, jis tapo direktoriumi Nacionalinio standartų biuras ir dirbo kaip mokslo patarėjas Senato specialiojo komiteto nuo atominės energetikos, kuriam pirmininkauja senatorius Brian McMahon. 1946 m McMahon-Douglas Bill įkurta civilius atominės energetikos komisijos
