1903 m Kolumbija atsisakė leisti Jungtinėms Valstijoms sukurti kanalą visoje Panamos sąsmauka. Su padrąsinimo iš JAV, Panama atsiskyrė iš Kolumbijos. Panama nepriklausomybė nebuvo oficialiai reorganizuota Kolumbija iki 1921 1920-aisiais rimtų socialinių neramumų ir didėjantis spaudimas iš valstiečių ir darbininkų lėmė laipsnišką socialinę reformų programą.
1932 m Peru konfiskavo Kolumbijos teritorijoje dalį. Tautų lyga įsikūrė ginčą, grįžta į Kolumbijos žemę. Kolumbija, kuris buvo aktyvus Pan American judėjimo nuo pat jos pradžios 1889 metais, buvo šeimininko Pan American konferencijoje 1948, kuriuo buvo nustatyta Amerikos valstybių organizacija.
Tuo tarpu, visuomenės nepasitenkinimas ir politinis nestabilumas tapo kritinė. Riaušės prasidėjo Bogotoje po liberalios partijos lyderis nužudymo 1948 metais sutrikimas greitai išplito kaip kiekviena politinė partija bandė įgyti kontrolę kaime. Policijos represijos buvo padidintas, kaip pilietinis karas šėlo provincijose. Karinio perversmo 1953 metais atnešė General Gustavo Rojas Pinilla į valdžią. Kitais metais jis buvo išrinktas prezidentu konstituciniu surinkimas.
Rojas buvo nuverstas pagal karinę chuntą 1957 Tais pačiais metais, Liberalų ir Konservatorių partijos sudarė bendradarbiavimo atkuriant civilinę vyriausybę paktą.
Nors neramumai ir kairiųjų partizanų karas tęsėsi 1960-aisiais, naujoji vyriausybė atnešė politinio stabilumo ir ekonomikos augimo priemonę. Visuomenės parama aljanso sumažėjo. Nauja neramumai po 1970 rinkimus ir pagrasino, kad vyriausybės išlikimą. Dvišal paktas baigėsi 1974
Neteisėta narkotikų apyvarta tapo auganti problema 1980-aisiais, kaip Kolumbija tapo didžiausia gamintoja pasaulyje kokaino. 1994 ji buvo atskleista, kad prezidentas Ernesto Samper buvo užsakęs kampanijos įmokas nuo narkotikų prekeivių. Andres Pastrana, kuris pirmą kartą buvo Samper anketa korupcija šviesos, buvo išrinktas prezidentu 1998 metais Nors jis iš karto įstojo į taikos derybas su sukilėliais, kovoti toliau.