Iki 2000 metų pabaigos, Talibanas kontroliuoja daugiau nei 90 procentų šalies, bet grupės ne Talibanas, pavyzdžiui, Šiaurės Aljansas turėjo tvirtoves į šiaurę. Tęsinys gesinimo pablogėjo sausros ir bado padarinių.
2001 m, JAV vyriausybė pareikalavo, kad Talibanas atsisakys Osamą bin Ladeną, kuris įtariamas organizavęs teroristinius išpuolius 2001 metų rugsėjo 11, su Jungtinės Amerikos Valstijos. Šie išpuoliai buvo įtrauktas keturių lėktuvų, iš kurių dvi buvo skrendama į bokštus dvynius Pasaulio prekybos centro Niujorke, todėl jų žlugimo užgrobimo. Talibanas atsisakė Jungtinių Valstijų poreikius. Spalio Jungtinės Valstijos ir jų sąjungininkai, įskaitant Šiaurės aljanso, pradėjo ilgalaikį karinę kampaniją prieš Talibaną ir prieš "Al Qaeda" pajėgos Afganistane.
2001 metų lapkričio pabaigoje, Talibanas buvo pašalintas iš galios ir pakeistas laikinosios vyriausybės, vadovaujamos Hamid Karzai. Vyriausybė buvo kaltinamas, be kita ko, palaikant taiką ir saugumą Afganistane, kol gali būti renkamas pilietis, Taryba ir demokratiniai rinkimai gali būti surengtas. Nacionaliniuose rinkimuose vyko 2004 po naujos konstitucijos priėmimo šalyje, H.Karzai buvo išrinktas prezidentu. Nepaisant pažangos naują vyriausybę formuoti, susirėmimai tarp regioninių ir etninių konkurentais ir toliau visoje šalyje, prisidėti prie jo nestabilumo. Svarbi parama naujai vyriausybei buvo pateiktas Jungtinių Tautų.
2009 rugpjūčio Afganistanas surengė prezidento rinkimus ir H.Karzai gavo daugiausia balsų. Tačiau daugelis balsavimo pažeidimų buvo nustatyta, dėl to nuotėkis rinkimai buvo planuojama. Prieš rinkimus Karzai varžovas pasitraukė. Rinkimų pareigūnai pareiškė, kad H. Karzai laimėjo pirmininkaujančiai valstybei narei.
