Nuo egzemplioriai patenka į mikroskopai taip pat yra taikomos vakuume, jie kartais atlikti papildomą rengimą, siekiant užtikrinti, kad jie telpa pagal tokių kraštutinių sąlygų. Biologiniai mėginiai, pavyzdžiui, paprastai yra dehidratuotas prieš dedant SEM. Priešingu atveju, žemo atmosferos slėgis vakuume sukeltų vandenį biologinių mėginių išgaruoti greitai, sunaikinti į procesą mėginį. Kiti pavyzdžiai yra įšaldomi, kol jie bus nagrinėjami, o dar kiti yra chemiškai, kad jie išgyventų didinimo procesą.
Mokslininkai, pavyzdžiui, fotografų, turėti kontrolę vaizdų jie gamina įvairovė. Didinimo, dėmesys, kontrastas ir ryškumas nuotraukoje yra visi tuo nuo SEM operatoriaus ranka. Nors kai kurie modeliai, skirta aparatūros šių nustatymų, naujesni integracija kompiuterizuotų kontrolės srityje tiek sumažino SEM išlaidas ir supaprastinti savo darbą.
Galiausiai, įsitikinkite, dirbdami instrumentą pastebėti keletą atsargumo priemonių. Atsižvelgiant į nuskaitymo pavyzdžius procesą, SEM generuoti mažus lygius spinduliuotės rentgeno spindulių pavidalu, kaip elektronai, mažesnių už pavyzdį paviršiaus pašalintas ir pakeistas kitų elektronų. Nors rentgeno spinduliai yra iš prigimties pavojingas žmonėms, jums neturėtų būti pernelyg susirūpinę veikianti SEM. Dauguma priemonių yra labai izoliuotas pavyzdį kamerą, skirtą sulaikyti Elektros ir magnetinė trukdžių, todėl bet kokie Rentgeno spinduliai generuojami didinimo procese neturėtų kelti grėsmę operatoriui. Vis dėlto, mokslininkai turėtų įsitikinkite, kad laikytis visų atsargumo priemonių, susijusių su jų institucijos SEM veikimo.