Kai įvyksta rimta avarija, grandinė reakcija į reaktorius gali reikia tuoj pat nutraukti sparčiai įterpiant kontrolės strypai į šerdį, veiksmas vadinamas scramming. Vienas iš labiausiai rimtų atsitikimų, kurie galėtų vykti komercinėje reaktoriuje yra aušinimo skysčio aplink šerdį praradimas. Į vandens reaktoriaus, toks avarijos gali įvykti su slėginio indo plyšimo arba vieno ar daugiau vožtuvų nepakankamumas. Net kai grandininė reakcija core nedelsiant sustabdyta, aušinimo skysčio netekimas leistų pagrindinė perkaisti. Vėlesniame kracho būtų sukelti labai karštoje masės, kad galėtų išlydyti savo kelią per apvalkale aukšte formavimas, situacija kartais vadinama "Kinijos sindromas". Nors masė nebūtų kriaukle toli į žemę, žemės taptų užterštas dideliu kiekiu radioaktyvių medžiagų. Karšto masė būtų paversti vandenį į žemę garais, o tai gali turėti radioaktyviųjų medžiagų dalį į orą. Siekiant užkirsti kelią tam išsilydymo galimybę, branduolinių reaktorių yra pastatytas su vieną arba kelis avarinio aušinimo sistemų užtikrintas papildomų šilumnešiui atveju tai yra reikalinga. Šių sistemų veiksmingumas buvo diskutuojama, tačiau, nes sąlygos, kad būtų gautos po aušinimo skysčio praradimą šerdies medžiagos yra neaiški.
Radioaktyviųjų atliekų
rimta problema, susijusi su branduolinės energijos naudojimas yra tvarkymo, apdorojimo ir šalinimo radioaktyviųjų atliekų produktų-skysto, kieto ir dujinio-ji sukuria. Šios atliekos, pavyzdžiui, skysčių, naudojamų reaktorių kuro ar kaip aušinimo chemiškai apdoroti, išeikvotos (naudojamas-up) kietojo kuro elementus, ir dujas naudoti kaip reaktorių aušinimo, būti pavojingų radioaktyviųjų medžiagų. Šios medžiagos gali likti radioaktyviosios daugiau nei 500 metų, todėl jiems pavojus sveikatai. Kai medžiagos, pavyzdžiui, plutonis, išlaikyti radioaktyvumą daugiau nei tūkstantį metų.
Keletas metodai ilgalaikio disponavimo labai radioaktyvioms atliekoms buvo sukurtas ir ištirtas. Plačiausiai priimta planą sudaro privalomas atliekas į glasslike ar keramikos medžiaga, kuri yra labai atsparus korozijai. Tai atliekas būtų dedamas giliai po žeme labai stabilių geologinius klodus, kai ji lieka neliečiami. Tolimų planai keliose šalyse yra šalinimą labai radioaktyvioms atliekoms granito sudėčių žeme arba po jūros dugnu, šaldytos molio ir druskos olas. Jungtinėse Amerikos Valstijose nėra ilgalaikis planas buvo susitarta. Radioaktyviosios atliekos yra laikomo
