Dar vienas prieštaravimas yra tai, kad mes esame tikrai ne tikri, ką ilgalaikis poveikis aplinka bus. Kas atsitiks, jei genai iš modifikuotų pasėlių rasti savo kelią į laukinių gyvūnų rūšių? Sunku tiksliai pasakyti, kokį poveikį modifikuotų pasėlių gali turėti vietinių augalų rūšių. Tai gali būti įmanoma, kad kiti augalų rūšių gali sukurti panašius bruožus modifikuotų pasėlių. Jei piktžolės išvystyti atsparumą herbicidams, mes grįžome į kvadratinį viena tą priekyje.
Kai baiminasi, kad įvedant genetinę medžiagą į augalus, mokslininkai taip pat gali sukurti naujų alergenų. Jungtinėse Amerikos Valstijose, Maisto ir vaistų administracija vietose griežtus reglamentus dėl genetiškai modifikuotų maisto produktų, kurie apima platų alergenų tyrimus. Tai gali būti net galima pašalinti alergiją sukeliančių komponentų esamų maisto produktų, kad padaryti juos saugu žmonėms, kurie priešingu atveju būtų išvengti, kad maisto rūšį.
Kenkėjų atsparių kultūrų gali sukelti keletą problemų. Ūkininkai gali naudoti daugiau cheminių medžiagų gydyti augalus genetiškai inžinerijos atsispirti nuodus. Šie chemikalai gali kauptis toksinus dirvožemyje arba sunktis į požeminį vandenį. Genetiškai modifikuotų pasėlių sambūvio su toksinių baltymų, skirtų apsisaugoti nuo kenkėjų, taip pat gali turėti įtakos kitų rūšių gyvūnams. Kita vertus, ūkininkai nebūtų reikia, kai auga pasėliai su įmontuotu kenkėjų repelentas naudoti kaip pesticidas daug. Kai kurie tyrimai rodo, kad mažėja dėl pesticidų priklausomybę, kai kurios rūšys gali realiai pasinaudoti pereiti prie genetiškai modifikuotų pasėlių.
Taip pat yra tarp kai kurių žemdirbių baiminasi, kad biotechnologijos gali sukelti biologinės įvairovės mažėjimas. Jei randame tam tikrą derlių būtų pelninga ir lengva augti, ūkininkai gali atsisakyti kitų veislių naudai modifikuotų pasėlių. Mažėjančios įvairovę gali lemti pavojingų padarinių. Ištisos populiacijos augalus gali mirti, jei nukentėjo liga. Įvairovė taip pat gali padėti išlaikyti dirvožemį sveikas ir užkirsti kelią toksinų iš pastato laikui bėgant.
Galų gale, mes turime pasverti galimą naudą žemės ūkio biotechnolog