1931 m Hess tapo fizikos profesorius Insbruko universitete. Čia jis įkūrė aukšto aukščio stotį Alpėse dėl kosminių spindulių tyrimas.
1937 m Hess grįžo į Graco universitete. 1938 nacių valdžia Vokietijos perėmė Austrijoje. Hess buvo atleistas iš universiteto paštu, tiek nes jis buvo iš ankstesnio nepriklausomos Austrijos vyriausybės mokslų atstovas ir, nes jis buvo Romos katalikų ir jo žmona buvo žydai. Naciai nepritarė arba religiją. Keturias savaites, kol jie buvo planuojama būti suimtas ir išsiųstas į koncentracijos stovyklą, Hess ir jo žmona pabėgo į Šveicariją. Jie persikėlė į JAV vėliau tais pačiais metais.
Nuo 1938 iki išėjimo į pensiją 1956 metais, Hess buvo fizikos profesorius Fordham universitete Niujorke. Jis tapo JAV piliečiu 1944 1946, Hess atliekami bandymai iš Empire State Building radioaktyviųjų iškritų ir kosminių spindulių bombardavimo. Per 1950-ųjų, jis dalyvavo kitų tyrimų radioaktyviųjų iškritų iš branduolinių ginklų bandymus. Jis sutelktas į biologinio poveikio radioaktyvumo iš abiejų kosminės spinduliuotės ir branduolinių bandymų.
Marie Hess mirė 1955 m vėliau tais pačiais metais, Hess vedęs Elizabeth M. Hoenke, slaugytoja, kuris rūpinosi jo žmona. Hess neturėjo vaikų. Jis mirė gruodis 17, 1964