Link 1953 pabaigoje, Oppenheimer buvo apkaltintas saugumo pavojus JAV ir, 1953 m, jo saugumo patikrinimas buvo sustabdytas. Oppenheimer buvo suteikta galimybė atsistatydinti iš GAC ar turėti klausą. Oppenheimer atsisakė atsistatydinti ir reikalavo būti išklausytos. Per 1954 klausymus daugelis mokslininkų ir valdžios pareigūnai patvirtino Oppenheimer lojalumą. Nepaisant to, gegužės 27, 1954, Saugumo taryba atsisakė atkurti Oppenheimer saugumo leidimo, net kaip ji pripažino savo lojalumą. Nors AEC karto nutraukė kontraktą su juo, devynerių metų jis pagerbtas jam savo Enrico Fermi Award.
Be toliau vadovaus Institute for Advanced Study, Oppenheimer parašė knygų per ateinančius kelerius metus iš eilės , įskaitant mokslo ir bendrą supratimą (1954), atviras Mind (1955), o Flying Trapeze. Trys krizių fizikams (1964)
1994 m pensininkas KGB (sovietinio saugumo) Bendrieji teigė jo autobiografijoje, kad Oppenheimer perdavė atomines paslaptis Sovietų Sąjungoje. Kadangi atsiminimai yra užpildytas su klaidomis, mokslo bendruomenė apskritai toliau mano, kad Oppenheimer niekada sąmoningai išdavė savo šalį. 
[1] [2]