Whipple pirmasis darbas Harvarde buvo patikrinti fotografinių plokščių dangaus tikslumą. Kad užduotis įdomiau, jis apžiūrėjo fotografijos negatyvai apie kometas. Šio darbo metu, jis atrado šešis kometos, kurie visi dabar padengia savo vardą.
Savo karjeros pradžioje, Whipple nustatyta daugiau sužinoti apie meteoritas. Norėdami atlikti šį, jis sugalvojo dviejų stočių fotografijos metodą, kaip išmatuoti meteoritas trajektoriją. Naudojant kameras su besisukančių langinės, Whipple fotografavo meteoritas skirtingose vietose. Jis studijavo Fotografijos plokštelės, siekiant nustatyti meteoritas "atmosferos pasipriešinimas, greitį, ir orbitoje aplink saulę. Whipple toliau šiuos tyrimus, kol jis buvo nutrauktas Antrojo pasaulinio karo (1939-1945). Iš savo mokslinių tyrimų, jis iškėlė hipotezę, kad kometos buvo susiję su meteoritų ir turėjo panašią sudėtį. Tai samprotavimai padėjo jam suformuluoti mintį, kad kometa branduoliai buvo kaip purvinas gniūžtėmis.
1932 m Whipple buvo paskirtas instruktorius astronomija Harvardo universiteto Sparčiai dėstytojas šešerių metų. Per Antrąjį pasaulinį karą jis dirbo karo susijusiems moksliniams tyrimams Harvardo Radijo Research Laboratories, uždirbti Prezidento pažymėjimą už nuopelnus 1948 Tuo karo pabaigoje 1945, Whipple sugrįžo į Harvardo, kur jis buvo pavadintas docentas. Po penkerių metų jis buvo paaukštintas į profesoriaus poziciją užėmė iki 1977, kai jis išėjo į pensiją kaip Phillips profesorius Astronomija emerito. Per savo karjerą Harvardo, jis taip pat tarnavo kaip pirmininkas astronomijos departamentas.
Po jo meteoras mokslinių tyrimų, Whipple studijavo 40 kometų orbitos išspręsti problemą, kad glumina mokslininkus. Astronomai neaišku, kodėl kai kometos padidinti savo orbitas, o kiti praranda energiją ir sumažinti savo orbitas. Whipple pasiūlė, kad branduolio sudėtis pasiūlė paaiškinimą. Kai kometa yra toli nuo saulės ir kosmoso šaltumas, ji primena ledas kamuolio. Be
