grėsmę prezidento rinkimuose 1800 ten buvo tarp Jefferson ir Aaron Burr aklavietės. Nors ne Jefferson draugui Hamiltonas pirmenybė jį Burr, ir išmetė savo įtaką į savo pusę. Kaip rezultatas, Jefferson tapo prezidentas ir Burr viceprezidentas. 1804, o dar pirmininko pavaduotojas, Burr bėgo gubernatoriaus Niujorke. Per kampaniją, Hamiltonas padarė pareiškimus puola Burr charakterį. Burr ginčijo Hamilton į dvikovą. Du keičiamasi nuotraukas liepos 11 d Weehawken, Naujasis Džersis. Hamiltonas buvo mirtinai sužeistas ir mirė kitą dieną. Jis buvo palaidotas Trejybės bažnyčios šventoriuje, New York City.
Aleksandro Hamiltono popierius (27 tomai) buvo paskelbti nuo 1916 iki 1987