kivirčų tarp viršininkų ir pranciškonų misionierių per Indijos politikos trukdo vystymuisi. 1680 Pueblo medicina vyras, vardu popiežius vedė savo žmones į sukilimą žuvo 400 gyventojai ir vairavimo poilsio atgal į El Pasas. Tai buvo ne iki 1692-96 kad Don Diego de Vargas reconquered New Mexico.
ispanų reidai dėl vergų išprovokavo nuolat priešiškumo apačiai. Iki 1706 Comanches pradėjo reidus į Naująją Meksiką. Prancūzų invazija iš Luizianos buvo gandai ir 1720. Pedro de Villasur vadovavo ekspedicijai jį patenkinti ir buvo užpulti Pawnees, tik keliolika vyrų pabėgti. 1779 gubernatorius Juan Bautista de ANZA nugalėjo Comanches. Kampanijos prieš pat apačiai, 1775-90, pavyko laikiną taiką.
Perdavimo Luizianos į Jungtines Amerikos Valstijas 1803 buvo vertinamas kaip naujos grėsmės Ispanijos taisyklė. Zebulon M. Lydeka ir jo tyrinėti partija 1806-07 buvo imtasi kalinius, palydimi atgal į Luizianos teritorijos ir paleistas. Ispanijos valdžios institucijos buvo mažiau sėkmingas sustoti kalnų vyrus (kailių medžiotojams), kuris padarė Taos savo būstinę.
Meksikos Laikotarpis
Meksika tapo nepriklausoma 1821 ir Naujoji Meksika tapo Meksikos provincijoje. (Tai buvo paskirta 1824 teritoriją ir 1836. departamentas) 1821, taip pat William Becknell atvyko į Santa Fe nuo Franklin, Missouri, virš Santa Fe Trail, pradedant sausumos prekybą, kad netrukus tapo nepaprastai pelninga.
Pueblo indėnai sukilo 1837, paėmė Santa Fe ir įdiegta José Gonzales Taos kaip viršininkas. Jis buvo nugalėtas ir nužudytas Meksikos karių 1838 metais, ir Meksikos vyriausybės institucija buvo atkurta. 1841 naujas Teksaso Respublika, kuri sukilo prieš Meksiką, išsiuntė karių ir prekybininkų ekspediciją į Naujosios Meksikos. Jos tikslas buvo perimti prekybos centro Santa Fe ir nustatyti Teksaso instituciją Naujoji Meksika, rytinėje dalis, kuri Teksasas teigė kaip jos teritorijos daliai. Į Texans buvo nugalėti Naujosios Meksikos milicija ir nepavyko pasiekti savo tikslo.
1846 karas tarp Meksikos ir JAV pradėjo, ir pagal brigados generolas Stephen Watts Kearny kariuomenė užėmė Santa Fe. Jis žygiavo į Kaliforniją, paliekant William Bent taip viršininkų ir okupacinė kariuomenė pagal pulkininkas Sterling Kaina. Pueblo indėnai sukilo ir nužudė gubernatorius sulenkta Taos. Kaina kariuomenė bei milicija įmonė kalnų vyrams greičiau slopino sukilimą. Kiti indėnai toliau Raid
