Kai pilietinis karas prasidėjo 1861, Kentukis paskelbė save " neutralus ", tačiau galiausiai pasirinko likti Europos Sąjungoje. Kentuckians kovojo už tiek Sąjungai, kurio prezidentas Abraomas Linkolnas, buvo gimęs narėje, bei konfederacija, taip pat vadovaujama Kentukio gyventojas, Jefferson Davis. Apie 70.000 vyrų, įskaitant beveik 24.000 juodi, įstojusių į Europos Sąjungą armiją, o apie 30.000 vyrai išėjo į konfederatų paslauga. Kariai iš abiejų kariuomenių užimta dalys Kentukis įvairių kartų. Lemiamas dalyvavimas valstybės buvo Perryville mūšis, spalio, 1862. Sąjungos kariai pagal bendruosius Don Carlos Buell atrėmė konfederatų invazija vadovaujamą generolo Braxton Bragg. Per karą, beveik kiekvienoje apskrityje, partizanų reidai buvo atliktas Sąjungos ir konfederatų pajėgas panašūs.
Per laikotarpį po karo, Kentukis buvo kartaus neramumų scena. Kadangi ji liko Sąjungoje, todėl nebuvo taikoma atstatymo priemonių. Tačiau, kaip buvęs vergas holdingo narėje, susiduria daugelis tomis pačiomis problemomis kaip ir konfederacija narėse.
Kentukis ekonomika buvo netvarkingas. 10.000 žmonių, karo aukų bei vergai išlaisvinti nuostolių sukėlė staigų maisto produktų gamybai. Karas taip pat sukelia kartėlį išlikęs tarp Kentuckians kurie remiamų priešingos pusės. Metų smurto laikytis. Rytiniame kalnų, ilgai išliekantis kraujo keršto tarp bendruomenių ir tarp klanų-įskaitant pagarsėjusio nesantaika tarp Kentukio Hatfields ir Vakarų McCoys Virdžinija turėjo savo kilmę pilietinio karo antagonizmų. Įbauginimo buvusių vergų buvo vykdoma pagal Kukluksklanas metų po pilietinio karo.
Šiuolaikinės
ekonomika atsigavo per 19 amžiaus pabaigos, pagelbėtų išaugo geležinkelio statybos, restauravimo prekybos, naudojimo iš medienos ir anglies išteklių rytinėje Kentukis, ir plėsti pramonę. Nepaisant bendro ekonominio pagerėjimo, tačiau, žemės ūkio, patirtus dėl daugelio ūkininkų priklausomybės nuo vieno derliaus, tabako ir žemės vertybių žlugimo po to, kai 1873 metais pagrindinių nacionalinių protesto judėjimų, tokių kaip Nacionalinis Grange, ūkininkų Panic A
