devintame amžiuje Vakarų Turkestano tapo musulmonų Persijos Samanidų imperija, kuris pagamintas Bukhara (jų kapitalo) iš Bagdado varžovų grožio ir kultūros domenas. Kontrolė regione sumažėjo iki Turkso ir 999, ir savieji tautos buvo palaipsniui absorbuojamas jų.
iš Čingischano mongolai užkariavo visą Centrinės Azijos per 1219-20 ir Turkestano dalimi tapo mongolų imperijos , Išsaugomi pagal mongolai kad tapo įmanoma "Marco Polo keliauti per senojo Šilko kelio į Kiniją per 1270-ųjų, o dėl komercijos klestėjo keletą šimtmečių.
Kadangi Mongolų imperija pradėjo lūžti į 14 a, Timūras užgrobė valdžią į vakarus. Pagal jo įpėdiniams, tačiau, jo imperija susitraukė į Buchara-Samarkand regione, ir anksti 16 amžiuje ji dingo. Turkestano buvo padalyta tarp kariaujančių turkų kunigaikštystes skaičius. Šilko kelias tapo per daug pavojinga naudoti; Anthony Jenkinson, anglų prekybininkas, 1558 gali eiti ne toliau į rytus, nei Buchara. Jūros maršrutai į Tolimuosius Rytus buvo nustatyta, tačiau ir Centrinės Azijos nebebuvo svarbu Vakarų pasaulyje.
vidurio 18-ojo amžiaus Rusijos išsiplėtė į šiaurės Turkestano, ir Kinija pradėjo subjugating pietryčių regioną. Rusijos galutiniai teritoriniai pažanga įvyko antroje pusėje 19 amžiuje. 1922 Vakarų ir Vidurio porcijos Turkestano tapo Sovietų Sąjungos. Sovietų Turkestano buvo sudaryta iš uzbekų, turkmėnų, tadžikų, kirgizų, ir iš dalies Kazachstano Tarybų Socialistinių Respublikų. 1991, po Sovietų Sąjungos žlugimo, šios respublikos tapo nepriklausoma.