1888 Brunėjus, Saravakas ir Šiaurės Borneo tapo britų protektorato. Po ketverių metų riba buvo nustatyta tarp britų ir olandų nuosavybe saloje. Per Antrąjį pasaulinį karą kai pakrančių Borneo buvo okupuota japonų. 1946 Saravakas ir Šiaurės Borneo buvo britų kolonijų, bet Brunėjus liko britų saugomą sultonatas. Olandų Borneo susijungė su Sumatra, Madura ir Java 1949 formuoti Indonezija.
1963 Saravakas ir Šiaurės Borneo (Sabah pervadinta) prisijungė Malaja ir Singapūras formuojant nepriklausomą šalį Malaizijoje. Indonezijos opozicija Malaizijos kūrimo lėmė ginkluotas konfliktas Borneo; Kovos baigėsi 1966. Brunėjus tapo nepriklausoma 1984